An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants

Előnézet	PDF (disszertáció) Download (1MB)
Előnézet	PDF (tézisfüzet) Download (66kB)
Előnézet	PDF (tézisfüzet) Download (54kB)

Magyar nyelvű absztrakt

Mivel az abiotikus stresszválaszban szereplő gének sok esetben hasonló szabályozás alatt állhatnak, így feltételezhetjük azt, hogy ennek alapját legalább részben a hasonló szabályozó elemeket is tartalmazó a promóter régióik adhatják. Mivel összetett molekuláris genetikai folyamatról van szó, így az is feltételezhető, hogy számos gén, transzkripciós faktor, illetve szabályozó motívum együttműködéséről van szó. Eddig számos motívumkereső algoritmust fejlesztettek ki DNS szekvenciák analízisére és motívumok előrejelzésére. Ezek leginkább rövid oligonukleotid motívumokat képesek felfedezni. Tompa és kollégái vizsgálatai alapján több jól ismert motívumkereső program vagy algoritmus érzékenysége alacsony, így jelentősen javítani lehet ezeket az algoritmusokat. Mivel olyan algoritmus-összeállítás eddig nem volt, amely együtt szabályozott gének promóter régióiban szabályozó elem párokat, azaz diádokat keressen, azt tűztük ki célul, hogy ilyen algoritmust kifejlesszünk. Az algoritmust a jövőben más, megismert genomszekvenciájú eukarióta élőlényre, így többek között különböző fontos gazdasági növény (árpa, búza, rizs, stb.) promótereinek a vizsgálatára lehet majd alkalmazni. Az algoritmus egyik fontos eredménye az, hogy bemeneti promóter szettekben, azokra jellemző feltételezett diádokat képes optimalizáltan megtalálni. Az így kapott diádokkal pedig a vizsgált élőlény promóteromját lehet tovább elemezni, és megkeresni a többi hasonló diádot tartalmazó promótert, és ezáltal a promóterek génjeiről előrejelzést lehet vele tenni arra vonatkozóan, hogy állhatnak hasonló transzkripciós szabályozás alatt, így jó eséllyel hasonló folyamatokban is vesz részt, mint a kiindulási promóterek génjei.

Tétel nézet