Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei

Szalay-Bekő Máté
Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei.
Doctoral thesis (PhD), University of Szeged.
(2014) (Unpublished)

[thumbnail of szalay-beko_phd-2013-11-03.pdf]
Preview
PDF (thesis)
Download (5MB) | Preview
[thumbnail of szalay-beko_phd_thesis_HU-2013-11-03.pdf]
Preview
PDF (booklet)
Download (858kB) | Preview
[thumbnail of szalay-beko_phd_thesis_EN-2013-11-03.pdf]
Preview
PDF (booklet)
Download (854kB) | Preview

Abstract in foreign language

A disszertációmban bemutatott tudományos munkám célja, hogy a bonyolult biológiai rendszerek megértését segítsem elő olyan informatikai programok fejlesztésével, amelyek segítenek az élő rendszereket leíró hálózatos modellek szerkezetének feltérképezésében. A dolgozatomban a ModuLand nevű fuzzy modularizálási eljárás informatikai megvalósítását és az eljárás gyakorlati példákon való alkalmazását ismertetem. Az általam megvalósított program segítségével vizsgálhatóvá válik tetszőleges irányítatlan hálózat hierarchikus modulszerkezete. A program képes a modulok központi régióinak meghatározására, valamint a hálózat egyes pontjainak a modulszerkezetben betöltött szerepének számszerű jellemzésére. Például egy fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózat esetén megállapítható, hogy az adott fehérje mennyire játszik központi szerepet egy funkcionális modulban, vagy épp mennyire alkot hidat különböző funkcionális modulok között. Az általam fejlesztett plug-in-t számos biológiai kutatás során felhasználtam részben én, részben a kutatócsoportom tagjai és részben más nemzetközi kutatócsoportok. Az Escherichia coli baktéirium Met-tRNS szintetáz fehérjéjének térszerkezetét modellező aminosav hálózat esetében összevetettem a hálózat modulszerkezetét a fehérje domain szerkezetével, illetve megvizsgáltam az enzim katalitikus központja és antikodon kötőhelye közötti konformációs változások továbbadásáért felelős aminosavak modulszerkezetben betöltött pozícióját és ezek sajátosságait. A ModuLand plug-in használatával munkatársaimmal közösen összehasonlítottuk a Buchnera Aphidicola és Escherichia coli baktériumok metabolikus folyamatait leíró hálózatokat, kimutatva az előbbi élőlénynél a szabadon élő, illetve az utóbbi esetében a szimbióta életmódból fakadó különbségeket a metabolikus hálók modulszerkezeteiben. Az általam megvalósított ModuLand plug-in-t 2012-es publikálása óta több mint 150 kutató töltötte le és több nemzetközi publikációban közölt, tőlem független kutatásnál felhasználásra került.

Item Type: Thesis (Doctoral thesis (PhD))
Creators: Szalay-Bekő Máté
Title of the thesis in foreign language: Overlapping module structure of biological networks: computer programs and their applications
Supervisor(s):
Supervisor
Position, academic title, institution
MTMT author ID
Csermely Péter
egyetemi tanár, az MTA doktora, Semmelweis Egyetem
1035707
Papp Balázs
tudományos főmunkatárs, PhD, MTA SZBK Biokémiai Intézet
10025198
Subjects: 01. Natural sciences > 01.06. Biological sciences
Divisions: Doctoral School of Biology
Discipline: Natural Sciences > Biology
Language: Hungarian
Date: 2014. April 11.
Item ID: 1963
MTMT identifier of the thesis: 2781782
doi: https://doi.org/10.14232/phd.1963
Date Deposited: 2013. Nov. 04. 11:50
Last Modified: 2020. Jan. 22. 09:03
Depository no.: B 5678
URI: https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/1963
Defence/Citable status: Defended.

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per month over past year