Szalay-Bekő Máté
Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei.
Doctoral thesis (PhD), University of Szeged.
(2014)
(Unpublished)
Preview |
PDF
(thesis)
Download (5MB) | Preview |
Preview |
PDF
(booklet)
Download (858kB) | Preview |
Preview |
PDF
(booklet)
Download (854kB) | Preview |
Abstract in foreign language
A disszertációmban bemutatott tudományos munkám célja, hogy a bonyolult biológiai rendszerek megértését segítsem elő olyan informatikai programok fejlesztésével, amelyek segítenek az élő rendszereket leíró hálózatos modellek szerkezetének feltérképezésében. A dolgozatomban a ModuLand nevű fuzzy modularizálási eljárás informatikai megvalósítását és az eljárás gyakorlati példákon való alkalmazását ismertetem. Az általam megvalósított program segítségével vizsgálhatóvá válik tetszőleges irányítatlan hálózat hierarchikus modulszerkezete. A program képes a modulok központi régióinak meghatározására, valamint a hálózat egyes pontjainak a modulszerkezetben betöltött szerepének számszerű jellemzésére. Például egy fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózat esetén megállapítható, hogy az adott fehérje mennyire játszik központi szerepet egy funkcionális modulban, vagy épp mennyire alkot hidat különböző funkcionális modulok között. Az általam fejlesztett plug-in-t számos biológiai kutatás során felhasználtam részben én, részben a kutatócsoportom tagjai és részben más nemzetközi kutatócsoportok. Az Escherichia coli baktéirium Met-tRNS szintetáz fehérjéjének térszerkezetét modellező aminosav hálózat esetében összevetettem a hálózat modulszerkezetét a fehérje domain szerkezetével, illetve megvizsgáltam az enzim katalitikus központja és antikodon kötőhelye közötti konformációs változások továbbadásáért felelős aminosavak modulszerkezetben betöltött pozícióját és ezek sajátosságait. A ModuLand plug-in használatával munkatársaimmal közösen összehasonlítottuk a Buchnera Aphidicola és Escherichia coli baktériumok metabolikus folyamatait leíró hálózatokat, kimutatva az előbbi élőlénynél a szabadon élő, illetve az utóbbi esetében a szimbióta életmódból fakadó különbségeket a metabolikus hálók modulszerkezeteiben. Az általam megvalósított ModuLand plug-in-t 2012-es publikálása óta több mint 150 kutató töltötte le és több nemzetközi publikációban közölt, tőlem független kutatásnál felhasználásra került.
| Item Type: | Thesis (Doctoral thesis (PhD)) |
|---|---|
| Creators: | Szalay-Bekő Máté |
| Title of the thesis in foreign language: | Overlapping module structure of biological networks: computer programs and their applications |
| Supervisor(s): | Supervisor Position, academic title, institution MTMT author ID Csermely Péter egyetemi tanár, az MTA doktora, Semmelweis Egyetem 1035707 Papp Balázs tudományos főmunkatárs, PhD, MTA SZBK Biokémiai Intézet 10025198 |
| Subjects: | 01. Natural sciences > 01.06. Biological sciences |
| Divisions: | Doctoral School of Biology |
| Discipline: | Natural Sciences > Biology |
| Language: | Hungarian |
| Date: | 2014. April 11. |
| Item ID: | 1963 |
| MTMT identifier of the thesis: | 2781782 |
| doi: | https://doi.org/10.14232/phd.1963 |
| Date Deposited: | 2013. Nov. 04. 11:50 |
| Last Modified: | 2020. Jan. 22. 09:03 |
| Depository no.: | B 5678 |
| URI: | https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/1963 |
| Defence/Citable status: | Defended. |
Actions (login required)
 |
View Item |
