Szalay-Bekő Máté
Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei.
Doktori (PhD) értekezés, Szegedi Tudományegyetem (2000-).
(2014)
(Kéziratban)
Előnézet |
Szöveg
(Disszertáció)
Download (5MB) | Előnézet |
Előnézet |
Szöveg
(Tézisfüzet)
Download (858kB) | Előnézet |
Előnézet |
Szöveg
(Tézisfüzet)
Download (854kB) | Előnézet |
Absztrakt (kivonat) idegen nyelven
A disszertációmban bemutatott tudományos munkám célja, hogy a bonyolult biológiai rendszerek megértését segítsem elő olyan informatikai programok fejlesztésével, amelyek segítenek az élő rendszereket leíró hálózatos modellek szerkezetének feltérképezésében. A dolgozatomban a ModuLand nevű fuzzy modularizálási eljárás informatikai megvalósítását és az eljárás gyakorlati példákon való alkalmazását ismertetem. Az általam megvalósított program segítségével vizsgálhatóvá válik tetszőleges irányítatlan hálózat hierarchikus modulszerkezete. A program képes a modulok központi régióinak meghatározására, valamint a hálózat egyes pontjainak a modulszerkezetben betöltött szerepének számszerű jellemzésére. Például egy fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózat esetén megállapítható, hogy az adott fehérje mennyire játszik központi szerepet egy funkcionális modulban, vagy épp mennyire alkot hidat különböző funkcionális modulok között. Az általam fejlesztett plug-in-t számos biológiai kutatás során felhasználtam részben én, részben a kutatócsoportom tagjai és részben más nemzetközi kutatócsoportok. Az Escherichia coli baktéirium Met-tRNS szintetáz fehérjéjének térszerkezetét modellező aminosav hálózat esetében összevetettem a hálózat modulszerkezetét a fehérje domain szerkezetével, illetve megvizsgáltam az enzim katalitikus központja és antikodon kötőhelye közötti konformációs változások továbbadásáért felelős aminosavak modulszerkezetben betöltött pozícióját és ezek sajátosságait. A ModuLand plug-in használatával munkatársaimmal közösen összehasonlítottuk a Buchnera Aphidicola és Escherichia coli baktériumok metabolikus folyamatait leíró hálózatokat, kimutatva az előbbi élőlénynél a szabadon élő, illetve az utóbbi esetében a szimbióta életmódból fakadó különbségeket a metabolikus hálók modulszerkezeteiben. Az általam megvalósított ModuLand plug-in-t 2012-es publikálása óta több mint 150 kutató töltötte le és több nemzetközi publikációban közölt, tőlem független kutatásnál felhasználásra került.
| Mű típusa: | Disszertáció (Doktori (PhD) értekezés) |
|---|---|
| Publikációban használt név: | Szalay-Bekő Máté |
| Idegen nyelvű cím: | Overlapping module structure of biological networks: computer programs and their applications |
| Témavezető(k): | Témavezető neve Beosztás, tudományos fokozat, intézmény MTMT szerző azonosító Csermely Péter egyetemi tanár, az MTA doktora, Semmelweis Egyetem 1035707 Papp Balázs tudományos főmunkatárs, PhD, MTA SZBK Biokémiai Intézet 10025198 |
| Szakterület: | 01. Természettudományok > 01.06. Biológiai tudományok |
| Doktori iskola: | Biológia Doktori Iskola |
| Tudományterület / tudományág: | Természettudományok > Biológiai tudományok |
| Nyelv: | magyar |
| Védés dátuma: | 2014. április 11. |
| EPrint azonosító (ID): | 1963 |
| A mű MTMT azonosítója: | 2781782 |
| doi: | https://doi.org/10.14232/phd.1963 |
| A feltöltés ideje: | 2013. nov. 04. 11:50 |
| Utolsó módosítás: | 2020. jan. 22. 09:03 |
| Raktári szám: | B 5678 |
| URI: | https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/1963 |
| Védés állapota: | védett |
Actions (login required)
 | Tétel nézet |
