A Histone H4 replacement (H4r) gén funkciójának vizsgálata Drosophila melanogasterben

Ábrahám Andrea
A Histone H4 replacement (H4r) gén funkciójának vizsgálata Drosophila melanogasterben.
[Thesis]

[thumbnail of Ábrahám_Andrea_disszertáció.pdf] PDF (thesis)
Download (3MB)
[thumbnail of Ábrahám_Andrea_tézis_magyar.pdf] PDF (booklet)
Download (241kB)
[thumbnail of Ábrahám_Andrea_tesis_eng.pdf] PDF (booklet)
Download (254kB)
[thumbnail of BDI engedély-Ábrahám Andrea.pdf] PDF (supplement)
Download (143kB)

Abstract in Hungarian

Eukarióta sejtekben a DNS sejtmagba történő becsomagolását a hiszton fehérjék végzik. A hisztonok és DNS komplexeként létrejövő kromatin kondenzációján keresztül ezek a fehérjék a genom stabilitásáért és a génműködés szabályozásáért felelősek. A DNS replikációjához kötötten kifejeződő kanonikus hisztonok minden sejtben megtalálhatók és poszt-transzlációs módosításaiktól függő módon vesznek részt az érintett régiók működésének szabályozásában. Ezzel szemben a replikációfüggetlen expressziójú hiszton variánsok a génexpresszió szabályozásában specifikus funkciókkal rendelkeznek, és mutathatnak sejttípusspecifikus expressziót. A Drosophila melanogaster kanonikus hiszton génjei egy klaszterben helyezkednek magas kópiaszámban. Ezzel szemben a hiszton variánsok a hiszton klaszteren kívül helyezkednek el a genomban, egy példányban, szerkezetükben általában kissé eltérnek kanonikus megfelelőiktől, specifikus szabályozásuk pedig lehetővé teszi specifikus szöveti vagy differenciálódási funkciók ellátását. A többi alternatív hisztontól eltérően a H4 variáns fehérje (H4r) aminosavsorrendje megegyezik a kanonikus H4-ével. Annak érdekében, hogy a H4r-t megkülönböztethessük a kanonikus H4-től és információt nyerhessünk a szerepéről, epitóp-jelöltük a H4r-t, tanulmányoztuk annak térbeli és időbeli kifejeződését, és feltártuk a kromatinban való lokalizációját nukleoszomális szinten. Immunhisztokémiai vizsgálatok alapján a H4r általánosan kifejeződik az embrionális és lárvális fejlődési állapotokban, de a fejlődő idegrendszerben, a H4r expressziója tekintetében enyhe eltérések figyelhetők meg az egyes sejttípusok között, a H4r az agyi sejtek egy kisebb populációjában felhalmozódást mutat, mely nem korlátozódik sejttípusra vagy differenciációs stádiumra. ChIP-seq kísérletekkel kimutattuk, hogy a H4r lokalizációja preferenciális összefüggést mutat a szabályozó régiókkal, különösen a sejtek stresszre adott válaszaiban részt vevő gének esetén. Mindent összevetve a kísérleti adatok azt jelzik, hogy a H4r-nek van a kanonikus H4-től eltérő, specifikus variáns hiszton funkciója, amellyel hozzájárulhat a nem osztódó sejtek transzkripciós memóriájának kialakításához.

Abstract in foreign language

In eukaryotic cells, the packaging of DNA into the nucleus is performed by histone proteins. Through the condensation of chromatin, which is formed as a complex of histones and DNA, these proteins are responsible for genome stability and the regulation of gene function. The replication dependent canonical histones are found in all cells and are involved in the regulation of affected regions in a manner dependent on their post-translational modifications. In contrast, replication-independent histone variants have specific functions in regulating gene expression and may also show cell type-specific expression. The canonical histone genes of Drosophila melanogaster are located in a large cluster on the 2nd chromosome, containing large number of gene units. In contrast to canonical histones, histone variants are located outside the canonical histone cluster in the genome, in one or two copies, and are generally slightly different in structure from their canonical counterparts, and their specific regulation allows them to perform tissue or differentiation specific functions. Unlike other alternative histones, the amino acid sequence of the protein product of the H4 variant (H4r) gene is the same as that of canonical H4. In order to distinguish H4r from canonical H4 and to obtain information about its role, we epitope-tagged H4r, studied its spatial and temporal expression, and revealed its localization in chromatin at the nucleosomal level. Based on immunohistochemical assays, H4r is generally expressed in embryonic and larval developmental states, but in the developing nervous system, slight differences in H4r expression are observed between cell types, a smaller population of the brain cells showing H4r accumulation that is not restrected to cell-type or differentiation stadium. ChIP-seq experiments have shown that the localization of H4r is preferentially associated with regulatory regions, especially for genes involved in cellular stress responses. Taking together, the experimental data indicate that H4r has a specific variant histone function that differs from the function of the canonical H4, with which it might contribute to the formation of transcriptional memory in non-dividing cells.

Item Type: Thesis (Doktori értekezés)
Creators: Ábrahám Andrea
Magyar cím: A Histone H4 replacement (H4r) gén funkciójának vizsgálata Drosophila melanogasterben
Title of the thesis in foreign language: Investigation of the function of the Histone H4 replacement (H4r) gene in Drosophila melanogaster
Témavezető(k):
Supervisor
Beosztás, tudományos fokozat, intézmény
MTMT author ID
Boros Imre Miklós
egyetemi tanár, DSc, SZTE TTIK
10000502
Henn László
tudományos munkatárs, PhD, Szegedi Biológiai Kutatóközpont
10025009
Subjects: 01. Natural sciences > 01.06. Biological sciences > 01.06.07. Genetics and heredity > 01.06.07.18. Epigenetics and gene regulation
Divisions: Doctoral School of Biology
Tudományterület / tudományág: Natural Sciences > Biology
Nyelv: Hungarian
Uncontrolled Keywords: H4 hiszton variáns, Drosophila
Item ID: 11405
Date Deposited: 2022. Jul. 28. 08:16
Last Modified: 2022. Sep. 30. 11:06
URI: https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/11405
Defence/Citable status: Not Defended.

Actions (login required)

View Item View Item