Genomikai és fenomikai megközelítések kombinálása az árpa szárazságtűrésének jellemzésében

Cseri András
Genomikai és fenomikai megközelítések kombinálása az árpa szárazságtűrésének jellemzésében.
[Thesis] (Unpublished)

[img]
Preview
PDF (disszertáció)
Download (3MB)
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (303kB)
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (333kB)

Abstract in Hungarian

Jelenleg világszerte és hazánkban is a szárazságstressz az egyik legjelentősebb termés korlátozó tényező a gabonafélék, így az árpa esetében is. Következésképpen a legfőbb nemesítési célok közé tartozik új, fokozottabb szárazságtoleranciával rendelkező fajták előállítása. A nemesítés sikeressége nagymértékben függ attól, hogy sikerül-e megértenünk e komplex és kvantitatív jellegű tulajdonság kialakításában részt vevő genetikai faktorokat. A komplex tulajdonságok, mint például a szárazsághoz történő alkalmazkodás fejlesztését elősegítheti a genomikai és fenomikai megközelítések kombinációja. A meglévő természetes genetikai variabilitás meghatározása pedig értékes információval szolgálhat a szárazságtűrésben résztvevő gének funkcióját illetően. A genotípus-fenotípus asszociációk együttes vizsgálata lehetővé teheti a vizsgált génjelöltek szárazságtoleranciában betöltött funkciójának megerősítését. Az árpa szárazságtűrésben potenciálisan szerepet játszó génjelöltek genomikai adatait a polimorfizmusok hatékony feltárására alkalmas EcoTILLING technológia használata útján nyertük. A fenomikai adatsorokat üvegházi körülmények között, Komplex Stressz Diagnosztikai Rendszer alkalmazásával állítottuk elő. Az EcoTILLING módszer egy nagy kapacitású, viszonylag alacsony költséggel kivitelezhető eljárás, mely lehetővé teszi a természetes populációkban megtalálható polimorfizmusok hatékony detektálását. A módszer a TILLING (Targeting Induced Local Lesions IN Genomes) technológia egyik változata, amely bizonyos PCR lépéseken alapszik, úgymint heteroduplex kézés, valamint a kialakult mismatch pozíciók nukleáz enzimekkel történő emésztése. A technológia alkalmazása útján egyaránt lehetővé válik a polimorfizmusok feltárása, illetve a haplotípusok elkülönítése az azonosított egyedi haplotípusok szekvenálása útján. Kutatásaink céljai között szerepelt az árpa szárazságtűrésének hátterében álló genetikai faktorok vizsgálata a fenomikai és genomikai megközelítések egyesítésének útján. Az EcoTILLING reakció magában foglalta a vizsgált génszakasz fluoreszcens nukleotidok jelenlétében végzett PCR-amplifikációját. A kapott amplikonokat a heteroduplex képzés után az egyszálú DNS-re specifikus aktivitással rendelkező Cel1-es endonukleázzal emésztettük a „mismatch” pozíciókban, majd ABI 377-es szekvenáló készüléken különítettük el a fragmentumokat molekulaméretük szerint. Végül az azonosított haplotípusokat forward és reverz irányból is megszekvenáltuk. Vizsgálatainkhoz a világ számos pontjáról gyűjtött 96 genotípust /termesztett fajtákat, ökotípusokat és vad változatokat/ is tartalmazó, szárazságtűrés szempontjából variábilis árpa kollekciót állítottunk össze. A génjelöltek kiválasztása során a szárazságtűréssel foglalkozó szakirodalmi adatokra (gén expressziós, illetve QTL térképezési vizsgálatok, transzgenikus kutatások) támaszkodtunk. Elsődleges célunk volt az árpa szárazság tűrésében potenciálisan szerepet játszó génjelöltek természetes genetikai variabilitásának feltárása az EcoTILLING technológia, mint a polimorfizmusok azonosítására alkalmas eszköz alkalmazása útján. További céljaink között szerepelt könnyen detektálható genetikai markerek (potenciálisan „génen belüli markerek”) kifejlesztése az átfedő haplotípus szekvenciák birtokában, amelyek lehetővé teszik a főbb, elsősorban aminosav szinten különbséget mutató haplotípusok elkülönítését. Az alkalmazott technológia segítségével mintegy 1,5 millió bázispárnyi szekvencia vizsgálata nyomán 94 egyedi allélvariánst különítettünk el a 9 génre tervezett 18 amplikon elemzése útján. Egy bázispárnyi eltérést (SNP) 185, inszerció/deléció-t (InDel) pedig 46 esetben azonosítottunk, a polimorfizmusok átlagos gyakorisága 1 SNP/92 bp illetve 1 InDel/372 bp volt. Az amplikonok vizsgálata során az azonosított haplotípusok száma 2 és 9 közé esett. Összesen 4 gén – Hordeum vulgare L. AR-h gene for aldose reductase (HvARH1), Hordeum vulgare L. HVA1 gene (HvA1), Hordeum vulgare L. HvSRG6 gene for stress responsive gene protein 6 (HvSRG6), Hordeum vulgare L. AP2 transcriptional activator gene (HvDRF1) - esetében olyan informatív polimorfizmusokat konvertáltunk át genetikai markerekké, melyek által elkülöníthetők a valószínűsíthetően funkcionális allélvariánsok. Továbbá ezek a könnyen detektálható genetikai markerek hasznosíthatók kapcsoltsági térképezések során illetve a markerekre alapozott szelekcióban...

Item Type: Thesis (PhD)
Creators: Cseri András
Title of the thesis in foreign language: Combination of phenomics and genomics approaches in the characterization of barley drought tolerance
Divisions: Doctoral School of Biology
Discipline label: Natural Sciences > Biology
Defence date label: 2013. May 15.
Item ID: 1738
MTMT id: 2888677
doi: https://doi.org/10.14232/phd.1738
Date Deposited: 2013. Mar. 06. 14:09
Last Modified: 2020. Jul. 16. 13:38
Depository no.: B 5524
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/1738
Defence/Citable status: Defended.

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per month over past year