An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants

Cserháti Mátyás
An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants.
Doktori értekezés, Szegedi Tudományegyetem (2000-).
(2011) (Kéziratban)

[thumbnail of PhD_Dissertation_Cserhati_Matyas.pdf]
Előnézet
PDF (disszertáció)
Download (1MB)
[thumbnail of Dissertation_Thesis_Cserhati_HU.pdf]
Előnézet
PDF (tézisfüzet)
Download (66kB)
[thumbnail of Dissertation_Thesis_Cserhati.pdf]
Előnézet
PDF (tézisfüzet)
Download (54kB)

Magyar nyelvű absztrakt

Mivel az abiotikus stresszválaszban szereplő gének sok esetben hasonló szabályozás alatt állhatnak, így feltételezhetjük azt, hogy ennek alapját legalább részben a hasonló szabályozó elemeket is tartalmazó a promóter régióik adhatják. Mivel összetett molekuláris genetikai folyamatról van szó, így az is feltételezhető, hogy számos gén, transzkripciós faktor, illetve szabályozó motívum együttműködéséről van szó. Eddig számos motívumkereső algoritmust fejlesztettek ki DNS szekvenciák analízisére és motívumok előrejelzésére. Ezek leginkább rövid oligonukleotid motívumokat képesek felfedezni. Tompa és kollégái vizsgálatai alapján több jól ismert motívumkereső program vagy algoritmus érzékenysége alacsony, így jelentősen javítani lehet ezeket az algoritmusokat. Mivel olyan algoritmus-összeállítás eddig nem volt, amely együtt szabályozott gének promóter régióiban szabályozó elem párokat, azaz diádokat keressen, azt tűztük ki célul, hogy ilyen algoritmust kifejlesszünk. Az algoritmust a jövőben más, megismert genomszekvenciájú eukarióta élőlényre, így többek között különböző fontos gazdasági növény (árpa, búza, rizs, stb.) promótereinek a vizsgálatára lehet majd alkalmazni. Az algoritmus egyik fontos eredménye az, hogy bemeneti promóter szettekben, azokra jellemző feltételezett diádokat képes optimalizáltan megtalálni. Az így kapott diádokkal pedig a vizsgált élőlény promóteromját lehet tovább elemezni, és megkeresni a többi hasonló diádot tartalmazó promótert, és ezáltal a promóterek génjeiről előrejelzést lehet vele tenni arra vonatkozóan, hogy állhatnak hasonló transzkripciós szabályozás alatt, így jó eséllyel hasonló folyamatokban is vesz részt, mint a kiindulási promóterek génjei.

Mű típusa: Disszertáció (Doktori értekezés)
Publikációban használt név: Cserháti Mátyás
Magyar cím: Enumerációs-alapú diád predikciós algoritmus alkalmazása növényi promóterek analízisében
Témavezető(k):
Témavezető neve
Beosztás, tudományos fokozat, intézmény
MTMT szerző azonosító
Pongor Sándor
tudományos tanácsadó, az MTA doktora, Pázmány Péter Katolikus Egyetem
NEM RÉSZLETEZETT
Györgyey János
tudományos főmunkatárs, MTA SZBK Növénybiológiai Intézet
NEM RÉSZLETEZETT
Szakterület: 01. Természettudományok > 01.06. Biológiai tudományok
Doktori iskola: Biológia Doktori Iskola
Tudományterület / tudományág: Természettudományok > Biológiai tudományok
Nyelv: angol
Védés dátuma: 2011. június 30.
EPrint azonosító (ID): 658
A mű MTMT azonosítója: 2774765
doi: https://doi.org/10.14232/phd.658
A feltöltés ideje: 2011. feb. 09. 15:08
Utolsó módosítás: 2019. júl. 15. 11:12
Raktári szám: B 4925
URI: https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/658
Védés állapota: védett

Actions (login required)

Tétel nézet Tétel nézet