Intracellular protein delivery with the use of endocytosis routing sequences

Imre, Norbert
Intracellular protein delivery with the use of endocytosis routing sequences.
[Thesis]

[img]
Preview
PDF (disszertáció)
Download (2MB) | Preview
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (311kB) | Preview
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (359kB) | Preview

Abstract in Hungarian

A gyógyszerfejlesztés egyik legnagyobb jelenkori kihívása a fehérjeméretű hatóanyagok hatékony sejtbe való juttatása, hiszen az emlősök sejtmembránja komoly akadályt állít ezen nagyméretű, hidrofil molekulák elé, amelyek specifikus, hatásos és biztonságos gyógyszerjelöltek lehetnének. Ezen molekulák internalizációja elérhető klatrin-független endocitózissal (például lipid-raft mediált/kaveoláris endocitózissal), mely útvonalon gyakran közlekednek endogén fehérjék, bakteriális toxinok (kolera és tetanusz), illetve vírusok (egér poliómavírus és echovírus 1). Az útvonal előnye, hogy a képződött endoszómák csak nagyon hosszú idő után egyesülnek lizoszómákkal, sok esetben azonban ez el is marad. Ez az endocitotikus folyamat egy vonzó célpont a funkcionális, degradáció mentes fehérjebevitelre, hiszen a képződő „szivárgó” endoszómák lehetőséget biztosítanak a rakomány kiszabadulására. A lipid betüremkedések és kaveolák felszíne gazdagon borított glikoszfingolipidekkel, főként mono-, di-, és triszialotetrahexozilgangliozidokkal (GM1, GD1a, GT1b), amelyek a fő receptorai az így bejutó molekuláknak. A gangliozidokhoz való kötődés, és a gangliozidok kötegelése tehát olyan endocitotikus folyamatot indít el, ahol a lizoszómális lebomlás csekély, ezáltal lehetővé teszik a fehérjéknek, hogy eljussanak a sejtplazmába, vagy transzcitózissal más sejtekbe. A jelenleg elérhető sejtbejuttató rendszereknek számos hátrányát ismerjük: a rakomány lizoszómába kerül és lebomlik, esetleg az alkalmazandó koncentráció túl nagy, terápiásan tehát irreleváns. Megoldást jelenthet ezekre, ha megvizsgáljuk és megismerjük annak módját, miként váltanak ki a gangliozidok endocitózist, ezáltal empirikusan értelmezni tudjuk a glikán-kódot, és azt tudatosan alkalmazzuk későbbi sejtbejuttató rendszerek tervezésénél. A különböző gangliozid-kötő molekulák azonosítását célzó kutatások már munkánk előtt elkezdődtek, azonban a nagyaffinitású molekuláris felismerés még várat magára. A GM1 gangliozidhoz kötő molekulák különösen érdekes lehetnek, mert bár számos emlőssejt expresszálja a molekulát, különféle tumorokban feldúsulnak. A fehérje alapú terápiákban az extracelluláris koncentrációtartomány jellemzően 100-500 nM, tehát egy nagyaffinitású kötődés szükséges ahhoz, hogy megfelelő sejtmembránban való dúsulást érjünk el, ezáltal lehetővé téve a hatóanyagok kellő mértékben való beáramlását. Fő célunk a kutatással az volt, hogy nanomoláris koncentrációban juttassunk be fehérje méretű molekulákat lipid-raft mediált endocitózissal humán sejtekbe. Az endogén és exogén proteineket utánzó, nem toxikus peptid jelölőt kívántunk kifejleszteni, ezért kerestük azt a minimális szekvenciát, amely képes specifikusan, nagy affinitással kötődni a GM1 gangliozidhoz. Mivel a receptor molekulánk szerkezete jól ismert, alapos biofizikai jellemzést kívántunk folytatni a kölcsönhatáson, ezáltal utat nyitva egy szerkezet-alapú tervezéshez, amely igen ritka a bejuttató rendszerek kutatásában. Célul tűztük ki, hogy megvizsgáljuk a peptid szekvenciánk sejtbejuttató képességét, miközben szigorúan figyelemmel követtük lehetséges toxicitását, bejutási mechanizmusát és a lizoszómákkal való egyesülésére való hajlamát. Klasszikus gyógyszerkémiai megközelítéssel törekedtünk arra, hogy felállítsunk egy szerkezet-hatás összefüggést, ezáltal átfogóbb képet kaphassunk a kötődési mechanizmusról. Az elvégzett változtatások lehetőséget biztosítanak az enzimatikus stabilitás növelésére, a nagy affinitás megtartásával.

Abstract in foreign language

One of the greatest challenges to overcome in drug development is the efficient translocation of protein-sized drugs into cells, because the mammalian cell membrane acts as a major obstacle to these hydrophilic large molecules, which could otherwise be highly specific, efficient, and tolerable pharmaceuticals. Internalization of these molecules can be achieved by clathrin-independent endocytosis (such as lipid-raft mediated/caveolar endocytosis), and this pathway is exploited by endogenous proteins, bacterial toxins (cholera and tetanus), and viruses (murine polyomavirus and echovirus 1), because this pathway tends to fuse with lysosomes only after a very long endosomal retention time, if at all. This endocytic mechanism is an attractive target to deliver functional proteins without degradation, and the leaky endosomes forming in the process allow direct escape for the molecules before moving to other cellular locations. The surface of these lipid rafts and caveolar pits are composed of various glycosphingolipids, especially of mono-, di-, and trisialotetrahexosylgangliosides (GM1, GD1a, GT1b), which are the major receptors for the natural cargoes. Binding and clustering the gangliosides induce an endocytic mechanism, where lysosomal fusion is negligible, allowing the proteins to reach the cytosol or undergo transcytosis. Many delivery systems fail to avoid lysosomal entrapment, or the molecule responsible for the internalization is required to be used at therapeutically irrelevant, high concentrations. Interpreting the glycan code by studying how gangliosides trigger endocytosis could be the key to solve these problems. Interest in binding gangliosides has already arisen; however, high-affinity molecular recognition is still a great challenge. The specific targeting of ganglioside GM1 is especially sought, because this ganglioside, while normally being expressed in many mammalian cell types, is highly abundant in cancerous cells. Therapeutic protein levels in the extracellular fluid yield 100–500 nM; therefore, a high-affinity interaction is needed to create a cell membrane enrichment that facilitates sufficient material flux in clinical applications. Our main goal was to achieve nanomolar delivery of large proteins (up to the size of antibodies) via lipid raft-mediated endocytosis. We aimed to use a non-toxic peptide tag to mimic the ganglioside-mediated internalization of endogenous and exogenous proteins; therefore, we set out to find a minimal motif that can bind ganglioside GM1 with high affinity and specificity. By focusing on a structurally well-defined receptor and conducting a thorough biophysical characterization of the interaction, we aimed to open a way to structure-based design, which is rare in protein delivery approaches. We set out to investigate the ability of the characterized peptidic tag to deliver large proteins into the cells, while rigorously monitoring its toxicity, mechanism of entry, and the tendency to fuse with lysosomes. Using a medicinal chemistry approach, we set out to establish a structure–activity relationship, to gain insight into the binding mechanism, and to improve the enzymatic stability while retaining high affinity.

Item Type: Thesis (PhD)
Creators: Imre, Norbert
Hungarian title label: Fehérjék sejtbe juttatása endocitózis útvonalra irányító szekvenciákkal
Title of the thesis in foreign language: Intracellular protein delivery with the use of endocytosis routing sequences
Subjects: 01. Natural sciences > 01.04. Chemical sciences > 01.04.01. Organic chemistry > 01.04.01.07. Peptide chemistry
01. Natural sciences > 01.04. Chemical sciences > 01.04.05. Analytical chemistry > 01.04.05.01. Molecular architecture and structure
03. Medical and health sciences > 03.01. Basic medicine > 03.01.06. Pharmacology and pharmacy > 03.01.06.09. Pharmaceutical chemistry
Divisions: Doctoral School of Pharmaceutical Sciences
Discipline label: Medicine > Pharmacy
Item ID: 10645
Date Deposited: 2020. Sep . 23. 15:22
Last Modified: 2020. Sep . 23. 15:22
URI: https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/10645
Defence/Citable status: Not Defended.

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per month over past year