Systematic genome engineering approaches to investigate mutational effects and evolutionary processes

Nyerges Ákos József
Systematic genome engineering approaches to investigate mutational effects and evolutionary processes.
Doktori értekezés, Szegedi Tudományegyetem (2000-).
(2019) (Kéziratban)

[thumbnail of Akos_Nyerges_thesis_ENG.pdf]
Előnézet
PDF (disszertáció)
Available under License Creative Commons Nevezd meg! (CC-BY-4.0).

Download (3MB) | Előnézet
[thumbnail of Akos_Nyerges_Thesis_Summary_ENG.pdf]
Előnézet
PDF (tézisfüzet)
Download (206kB) | Előnézet
[thumbnail of Akos_Nyerges_Thesis_Summary_HUN.pdf]
Előnézet
PDF (tézisfüzet)
Download (229kB) | Előnézet

Absztrakt (kivonat) idegen nyelven

To address the shortcomings of currently available genome editing and in vivo directed evolution techniques, we have developed a plasmid-based method for broad-host-range genome engineering (pORTMAGE), and based on pORTMAGE, a method for in vivo directed evolution. This new method, termed DIvERGE (directed evolution with random genomic mutations) allows the systematic multiplex mutagenesis of long genomic segments. DIvERGE has numerous advantages over the alternative techniques, including (I) the possibility to target multiple, user-defined genomic regions; (II) it has a broad and controllable mutagenesis spectrum for each nucleotide position; (III) it allows of up to a million-fold increase in mutation rate at the target sequence; (IV) it enables multiple rounds of mutagenesis and selection in a fast and continuous manner; (V) it is applicable to a wide range of enterobacterial species without the need for prior genomic modification(s); (VI) it avoids off-target mutagenesis, and (VII) it is also cost-effective as it relies on soft-randomized oligos which can easily be manufactured at a modest cost. In summary, DIvERGE offers a versatile solution for high-precision directed evolution at multiple loci in their native genomic context. Due to these favorable characteristics, DIvERGE is especially well-suited to study bacterial evolution leading to antibiotic resistance.

Mű típusa: Disszertáció (Doktori értekezés)
Publikációban használt név: Nyerges Ákos József
Magyar cím: Rendszerszintű genommérnöki vizsgálatok az evolúciós folyamatok tanulmányozására
Témavezető(k):
Témavezető neve
Beosztás, tudományos fokozat, intézmény
MTMT szerző azonosító
Pál Csaba
tudományos főmunkatárs, PhD, MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont
10027825
Szakterület: 01. Természettudományok > 01.06. Biológiai tudományok
Doktori iskola: Biológia Doktori Iskola
Tudományterület / tudományág: Természettudományok > Biológiai tudományok
Nyelv: angol
Védés dátuma: 2019. március 18.
Kulcsszavak: Synthetic biology, genome engineering, antibiotic resistance, directed evolution
EPrint azonosító (ID): 10051
A mű MTMT azonosítója: 30435535
doi: https://doi.org/10.14232/phd.10051
A feltöltés ideje: 2019. jan. 09. 19:28
Utolsó módosítás: 2020. júl. 06. 10:43
Raktári szám: B 6501
URI: https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/10051
Védés állapota: védett

Actions (login required)

Tétel nézet Tétel nézet

Letöltések

Letöltések havi bontásban az elmúlt egy évben