Jelátviteli útvonalak rendszerszintű adatbázisa és elemzése: új fehérjefunkciók, jelátviteli keresztbeszélgetések és gyógyszercélpont-jelöltek meghatározása

Korcsmáros Tamás
Jelátviteli útvonalak rendszerszintű adatbázisa és elemzése: új fehérjefunkciók, jelátviteli keresztbeszélgetések és gyógyszercélpont-jelöltek meghatározása.
[Thesis] (Unpublished)

[img]
Preview
PDF (disszertáció)
Download (3MB)
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (510kB)
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (252kB)
Official URL: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/2...

Abstract in foreign language

A különböző diszciplínák integrálása, és az eredmények hálózatos módszerekkel történő vizsgálata a jelátviteli útvonalak kutatásának egy új irányzata. A bemutatott munkában öt terület, a biokémia, a genetika, a sejtbiológia, a bioinformatika és rendszerbiológia eredményeit és módszereit integráltam, hogy három többsejtű élőlény (a Caenorhabditis elegans, a Drosophila melanogaster és az ember) jelátviteli útvonalainak hálózatát felépítsem egy erre a célra készített programkörnyezetben. A gyűjtést manuálisan és egységes szabályok szerint végeztem, bioinformatikai forrásokat és tudományos publikációkat alkalmazva. A létrejött hálózati adatbázis, amelyet SignaLinknek neveztünk el, 8 útvonal fehérjéit és irányított kapcsolatait tartalmazza, és megjelöli a jelátviteli kapcsolatok eredeti hivatkozásait. Az adatbázison elvégzett elemzések során új jelátviteli fehérjéket, szövet- és betegségspecifikus cross-talk fehérjéket, a jelátviteli hálózat felépítése és működése szempontjából fontos kulcsfehérjéket és új gyógyszercélpont-jelölteket azonosítottunk. Az doktori munkám során kapott új tudományos eredményeim a következők: 1. Egységes gyűjtési szabályrendszer alapján létrehoztam a SignaLink adatbázist, hogy megalapozzam a jelátvitel rendszerszintű és összehasonlítható elemzését. 2. Összeállítottam három többsejtű faj, a C. elegans, a D. melanogaster és a H. sapiens 8 jelátviteli útvonalának hálózatát, és 253 új jelátviteli komponenst (szignalógot) azonosítottam. 3. Rendszerszintű elemzéssel a jelátviteli hálózat jelterjedésében és evolúciójában kritikus 192 kulcsfehérjét azonosítottunk. 4. Megvizsgálva a szignalógok és a cross-talkban fontos fehérjék tulajdonságait, sikerült kiemelnem 30 ígéretes, új gyógyszercélpont-jelöltet és az 57 kritikus pont gyógyszerészeti fontosságát.

Item Type: Thesis (PhD)
Creators: Korcsmáros Tamás
Title of the thesis in foreign language: System-level database and analyses of signaling pathways: identification of novel protein functions, signaling cross-talks and drug targets
Divisions: Doctoral School of Biology
Discipline label: Natural Sciences > Biology
Defence date label: 2011. November 28.
Item ID: 834
MTMT id: 2774806
doi: https://doi.org/10.14232/phd.834
Date Deposited: 2011. Jun. 02. 14:41
Last Modified: 2019. Jul. 19. 13:43
Depository no.: B 4968
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/834
Defence/Citable status: Defended.

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per month over past year