An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants

Cserháti Mátyás
An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants.
[Thesis] (Unpublished)

This is the latest version of this item.

[img]
Preview
PDF (disszertáció)
Download (1MB)
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (66kB)
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (54kB)

Abstract in Hungarian

Mivel az abiotikus stresszválaszban szereplő gének sok esetben hasonló szabályozás alatt állhatnak, így feltételezhetjük azt, hogy ennek alapját legalább részben a hasonló szabályozó elemeket is tartalmazó a promóter régióik adhatják. Mivel összetett molekuláris genetikai folyamatról van szó, így az is feltételezhető, hogy számos gén, transzkripciós faktor, illetve szabályozó motívum együttműködéséről van szó. Eddig számos motívumkereső algoritmust fejlesztettek ki DNS szekvenciák analízisére és motívumok előrejelzésére. Ezek leginkább rövid oligonukleotid motívumokat képesek felfedezni. Tompa és kollégái vizsgálatai alapján több jól ismert motívumkereső program vagy algoritmus érzékenysége alacsony, így jelentősen javítani lehet ezeket az algoritmusokat. Mivel olyan algoritmus-összeállítás eddig nem volt, amely együtt szabályozott gének promóter régióiban szabályozó elem párokat, azaz diádokat keressen, azt tűztük ki célul, hogy ilyen algoritmust kifejlesszünk. Az algoritmust a jövőben más, megismert genomszekvenciájú eukarióta élőlényre, így többek között különböző fontos gazdasági növény (árpa, búza, rizs, stb.) promótereinek a vizsgálatára lehet majd alkalmazni. Az algoritmus egyik fontos eredménye az, hogy bemeneti promóter szettekben, azokra jellemző feltételezett diádokat képes optimalizáltan megtalálni. Az így kapott diádokkal pedig a vizsgált élőlény promóteromját lehet tovább elemezni, és megkeresni a többi hasonló diádot tartalmazó promótert, és ezáltal a promóterek génjeiről előrejelzést lehet vele tenni arra vonatkozóan, hogy állhatnak hasonló transzkripciós szabályozás alatt, így jó eséllyel hasonló folyamatokban is vesz részt, mint a kiindulási promóterek génjei.

Item Type: Thesis (PhD)
Creators: Cserháti Mátyás
Hungarian title label: Enumerációs-alapú diád predikciós algoritmus alkalmazása növényi promóterek analízisében
Divisions: Doctoral School of Biology
Discipline label: Natural Sciences > Biology
Defence date label: 2011. June 30.
Item ID: 658
MTMT id: 2774765
doi: https://doi.org/10.14232/phd.658
Date Deposited: 2011. Feb. 09. 15:08
Last Modified: 2019. Jul. 15. 11:12
Depository no.: B 4925
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/658
Defence/Citable status: Defended.

Available Versions of this Item

  • An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants. (deposited 2011. Feb. 09. 15:08) [Currently Displayed]

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per month over past year