An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants

Cserháti Mátyás
An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants.
Doktori értekezés, Szegedi Tudományegyetem.
(2011)

Ez a mű legutolsó verziója.

[img]
Előnézet
PDF (disszertáció)
Download (1MB)
[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (54kB)
[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (66kB)

Magyar nyelvű absztrakt

Mivel az abiotikus stresszválaszban szereplő gének sok esetben hasonló szabályozás alatt állhatnak, így feltételezhetjük azt, hogy ennek alapját legalább részben a hasonló szabályozó elemeket is tartalmazó a promóter régióik adhatják. Mivel összetett molekuláris genetikai folyamatról van szó, így az is feltételezhető, hogy számos gén, transzkripciós faktor, illetve szabályozó motívum együttműködéséről van szó. Eddig számos motívumkereső algoritmust fejlesztettek ki DNS szekvenciák analízisére és motívumok előrejelzésére. Ezek leginkább rövid oligonukleotid motívumokat képesek felfedezni. Tompa és kollégái vizsgálatai alapján több jól ismert motívumkereső program vagy algoritmus érzékenysége alacsony, így jelentősen javítani lehet ezeket az algoritmusokat. Mivel olyan algoritmus-összeállítás eddig nem volt, amely együtt szabályozott gének promóter régióiban szabályozó elem párokat, azaz diádokat keressen, azt tűztük ki célul, hogy ilyen algoritmust kifejlesszünk. Az algoritmust a jövőben más, megismert genomszekvenciájú eukarióta élőlényre, így többek között különböző fontos gazdasági növény (árpa, búza, rizs, stb.) promótereinek a vizsgálatára lehet majd alkalmazni. Az algoritmus egyik fontos eredménye az, hogy bemeneti promóter szettekben, azokra jellemző feltételezett diádokat képes optimalizáltan megtalálni. Az így kapott diádokkal pedig a vizsgált élőlény promóteromját lehet tovább elemezni, és megkeresni a többi hasonló diádot tartalmazó promótert, és ezáltal a promóterek génjeiről előrejelzést lehet vele tenni arra vonatkozóan, hogy állhatnak hasonló transzkripciós szabályozás alatt, így jó eséllyel hasonló folyamatokban is vesz részt, mint a kiindulási promóterek génjei.

Mű típusa: Disszertáció (Doktori értekezés)
Doktori iskola: Biológia Doktori Iskola
Tudományterület / tudományág: természettudományok > biológiai tudományok
Magyar cím: Enumerációs-alapú diád predikciós algoritmus alkalmazása növényi promóterek analízisében
Idegen nyelvű cím: An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants
Témavezető(k):
Témavezető neveBeosztás, tudományos fokozat, intézményEmail
Dr. Pongor Sándortudományos tanácsadó, az MTA doktora, Pázmány Péter Katolikus Egyetempongor@icgeb.org
Dr. Györgyey Jánostudományos főmunkatárs, MTA SZBK Növénybiológiai Intézetarthur@brc.hu
EPrint azonosító (ID): 658
Publikációban használt név : Cserháti Mátyás
A mû MTMT azonosítója: 2774765
doi: 10.14232/phd.658
A feltöltés ideje: 2011. feb. 09. 15:08
Utolsó módosítás: 2017. jún. 23. 16:10
Egyebek (raktári szám): B 4925
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/658
Védés állapota: védett

Az archívumban megtalálható verziók

  • An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants. (deposited 2011. feb. 09. 15:08) [Ezt látja]

Actions (login required)

Tétel nézet Tétel nézet

Letöltések

Letöltések havi bontásban az elmúlt egy évben