A Drosophila telomer védelmét szolgáló fehérjék fajképzésben betöltött lehetséges szerepének vizsgálata

Vedelek Balázs
A Drosophila telomer védelmét szolgáló fehérjék fajképzésben betöltött lehetséges szerepének vizsgálata.
Doktori értekezés, Szegedi Tudományegyetem.
(2017)

[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (781kB) | Előnézet
[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (785kB) | Előnézet
[img]
Előnézet
PDF (disszertáció)
Download (22MB) | Előnézet

Magyar nyelvű absztrakt

Eukariótákban a lineáris kromoszómák végei egy speciális kromatin szerkezetbe szerveződnek, melyet telomernek nevezünk. A telomer meggátolja a különböző kromoszómák fúzióját és megakadályozza a kromoszóma végek degradációját, megőrizve a genom integritását. Ezekben a folyamatokban kulcsfontosságú szerepet játszik a telomer végét sapkaszerűen borító telomer capping komplex. Emlősökben shelterinnek nevezzük ezt a komplexet, melynek tagjai nagyfokú konzerváltságot mutatnak. A telomer biológiában érdekes kivételt képez a Drosophila nemzetség, mert ezekben a fajokban a telomer fenntartásának mechanizmusa és a capping komplex összetétele is jelentősen különbözik a kanonikustól. A Drosophila capping komplexet termininnek nevezzük. A terminin komplexet alkotó fehérjéknek nem ismertek homológjai a Drosophilák rokonsági körén kívül. Egyik legérdekesebb tulajdonságuk az, hogy gyors evolúciót mutatnak. A jelentős szekvencia különbségek ellenére ezek a fehérjék ugyanazt a funkciót látják el, és sok esetben ugyanazokkal a fehérjékkel hatnak kölcsön, mint más fajokban a kanonikus komplex tagjai. A gyors evolúció és a létfontosságú funkció, melynek a Drosophila telomer capping komplexnek meg kell felelnie, ellentmondásosnak tűnik. A sejtműködés során a fontos funkciókhoz általában konzervált fehérjék látják el, mert a legtöbb változás a fehérje működésképtelenné válását eredményezheti. Mégis előfordul, hogy egy-egy fontos funkciót gyorsan evolválódó protein lát el. Ilyen például egérben a PRDM9, mely a crossover kezdőpontok kijelölését végzi, vagy Drosophilában a Hmr és Lhr fehérjék, melyek a centromer kialakításában vesznek részt. Az evolúciós elmélet magyarázni képes, hogy egy élőlény miért használhat mégis gyors evolúciójú fehérjét ilyen fontos molekuláris szerepek betöltésére. Úgy tartják, hogy a gyorsan változó, ugyanakkor esszenciális funkcióval rendelkező PRDM9 és a Hmr és Lhr fehérjéknek van egy fontos evolúciós szerepük, mégpedig az, hogy felgyorsítják a speciációs folyamatokat azáltal, hogy meggátolják a hibrid utódok létrejöttét. Jelenleg nem bizonyított, hogy a Drosophila capping komplexnek van-e szerepe a hibrid sterilitásban, és ezzel a kromoszóma szintű reprodukciós izolációs mechanizmus része-e. Természetesen a gyors evolúció és konzervált funkció kettősségének feloldására más magyarázatokat is találhatunk, mint a fajképzésben betöltött szerep. Elképzelhető például, hogy a fehérjék működéséhez és a térszerkezetük fenntartásához nem igénylik a teljes polipeptidlánc konzerválódását. Főként genetikai kísérletek alapján feltételezzük, hogy a Drosophila capping komplex öt fehérjéből áll, a Verrocchio, a DTL, a HOAP, a HipHop és a HP1 fehérjékből. A termininnek a HP1 az egyetlen konzervált tagja, melynek funkciója nem korlátozódik a telomerre, míg a többi fehérje gyors evolúciót mutat és csak a telomeren található meg. Amennyiben két közel rokon fajból származó fehérje nem alkot komplexet, vagy a komplex funkciója sérül, akkor ezeknek a fehérjéknek szerepük lehet a fajképzésben. In vitro módszerekkel lehetőségünk van a fehérjék közti interakciónak és a DNS-kötésnek a vizsgálatára, azonban a terminin holokomplex összeállítására és vizsgálatára eddig még nem történtek ilyen jellegű kísérletek. Munkám során az először bioinformatikai módszerekkel részletesen megvizsgáltam a Drosophila terminin fehérjék evolúciós sebességét. A számításokba 21 fajt bevonva megállapítottam, hogy a komplex tagjainak interakciós doménjei is felgyorsult evolúciót mutatnak. Ez azt jelenti, hogy a fehérjék közti interakciók nem konzervált doméneken keresztül valósulnak meg, mely alapján elképzelhető, hogy a közel rokon fajokból származó komplex tagok már nem képesek interakcióra. A fehérjék homológia alapú molekula modellezéssel is próbálkoztam, azonban csak a Ver esetében sikerült közel megbízható modellt előállítanom. Ezt követően a Ver térszerkezetet és az aminosav konzerváltsági értékeket együtt vizsgálva prediktáltam, a DNS-kötésben, a magi lokalizációban és a szerkezet kialakításában feltehetően fontos aminosavakat. Immunprecipitációs adatok szerint, a Ver interakcióba lép a DTL-lel és a HOAP-pal, a DTL interakcióba lép a Ver, a HOAP és a HP1 proteinekkel, míg a HipHop kölcsön hat a HP1-gyel és a HOAP-pal, de nem lép kölcsönhatásba a Ver vagy a DTL fehérjékkel. A komplex további szerveződéséről, sztöchiometriájáról nincs információnk. Annak érdekében, hogy az öt fehérjéből álló komplexet izoláljuk, bakteriális rendszerben termeltettük a Drosophila melanogaster fehérjéket. Sikeresen előállítottam a HP1, a HOAP, a Ver és a DTL proteineket, a HipHop expressziós szintje azonban többféle expressziós plazmidot és indukciós körülményt kipróbálva is alacsony maradt. Mivel az interakciós adatok arra utalnak, hogy a HipHop nélkül is kialakulhat egy stabil komplex, a későbbiekben csak a sikerrel expresszált négy fehérjét vizsgáltuk. A Ver és a DTL fehérjék magas expressziós szintet mutattak ugyan, azonban oldhatatlan formában, „inclusion body”-ban keletkeztek a baktériumban. A terminin fehérjék oldhatóságán sokat javított az együttes termelésük, ami lehetővé tette tisztításukat is. A négy fehérjét tartalmazó komplex tisztításának első lépéseként a fehérjéket a DNS-kötő fehérjék izolálására gyakran alkalmazott heparin-sepharose oszlopra kötöttem. Az oszlopról történő elúció során a terminin fehérjék több alkomplex formájában jelentek meg a frakciókban. A Ver és DTL fehérjék alacsony sókoncentráció mellett, míg a HOAP, a HP1 (és a HipHop) fehérjék magas sókoncentráció mellett távoztak az oszlopról. A négy fehérje közös elúcióját az elválasztás során alkalmazott sókoncentráció változtatásával sem lehetett elérni, helyette két alkomplexet azonosítottunk. A Ver és a DTL egyértelműen egy stabil heterodimert alkotott, míg a HOAP és a HP1 egy nehezebben meghatározható sztöchiometriájú másik komplexbe szerveződött. Ez az elkülönülő két komplex összeegyeztethető az irodalomból ismert funkcionális elkülönüléssel, miszerint a Ver és a DTL az egyes-szálú DNS hibajavítási mechanizmusok gátlásában vesznek részt, míg a HOAP, a HP1 és a HipHop a kettős-szálú DNS hibajavítás gátlásában. A további vizsgálatokhoz a Ver-DTL heterodimert választottuk és a két fehérje kifejeződését egyszerre biztosító plazmidot hoztunk létre. A fajképzésben betöltött szerep vizsgálatára készítettünk egy olyan plazmid konstrukciót is, amely egy közeli rokonból, a Drosophila yakuba fajból származó Ver ortológ és D. melanogaster DTL kódoló régióját tartalmazza. Az expressziót követően heparin-sepharose oszlopon tisztítottuk mind a kétféle plazmidról expresszált fehérjéket. A számunkra érdekes proteineket tartalmazó frakciókat immunaffinitás kromatográfiával és méretkizárásos kromatográfiával is tovább vizsgáltuk. Eredményeink alapján a D. yakuba Ver és a D. melanogaster DTL fehérjék a köztük lévő szekvencia különbségek ellenére - a D. melanogaster Ver-DTL dimerhez hasonlóan - stabil komplexet alkotnak. A Ver-DTL dimerek DNS-kötő képességét is megvizsgáltuk. Ehhez mágneses gyöngyökre egyes-szálú, kettős-szálú és 3’ túlnyúló végű oligonukleotidokat kötöttünk és megállapítottuk, hogy a különböző DNS konformációk mennyi fehérje megkötésére alkalmasak. A kísérlet eredményei alapján mind a D. melanogaster, mind a hibrid heterodimer nagyobb affinitással kötötte az egyes-szálú DNS-t, mint a kettős-szálút. Ezt az eredményt bioréteg interferencia mérésekkel is megerősítettük. A Ver térszerkezeti modellje alapján feltételezhetjük, hogy a Ver-DTL interakció a Ver részéről egy konzervált felszínen valósulhat meg, ami azt jelenti, hogy a gyors evolúció nem az interakciókban részt vevő aminosavakat érinti. Ezért a Ver és a DTL esetében valószínűtlen, hogy a fehérjék gyors változása hozzájáruljon a fajképzéshez az alkomplex funkcióvesztése miatt. Más módon természetesen a fehérjék még működhetnek fajképzési korlátként, például hasonlóan a Hmr és Lhr proteinekhez, amik között létrejövő interakció ehhez a funkcióhoz elengedhetetlen. Munkámmal hozzájárultam a Drosophila telomer capping komplex esszenciális funkciója és a gyors evolúciója között látszó ellentmondás feloldásához. Habár a terminin fehérjék fajképzésben betöltött szerepére nem találtam egyértelmű bizonyítékot, biokémiai megközelítéssel új adatokat nyertem a telomer capping komplexről. A Ver, illetve a Ver-DTL alkomplex vizsgálatával bemutattam, hogy hogyan lehetséges egy konzervált funkció elvégzése gyorsan evolválódó fehérjék segítségével.

Mű típusa: Disszertáció (Doktori értekezés)
Doktori iskola: Biológia Doktori Iskola
Tudományterület / tudományág: természettudományok > biológiai tudományok
Magyar cím: A Drosophila telomer védelmét szolgáló fehérjék fajképzésben betöltött lehetséges szerepének vizsgálata
Idegen nyelvű cím: The Biochemical Characterization of Drosophila Telomere Capping Proteins and Their Potential Role in Speciation
Témavezető(k):
Témavezető neveBeosztás, tudományos fokozat, intézményEmail
Prof. Boros Imretanszékvezető egyetemi tanár, MTA doktora, SZTE Biokémiai és Molekuláris Biológiai Tanszékborosi@bio.u-szeged.hu
Dr. Blastyák Andrástudományos munkatárs, Ph.D., MTA SZBKblastyak@brc.hu
EPrint azonosító (ID): 3926
Publikációban használt név : Vedelek Balázs
A mû MTMT azonosítója: 3267993
doi: 10.14232/phd.3926
A feltöltés ideje: 2017. márc. 20. 13:02
Utolsó módosítás: 2017. szept. 20. 09:33
Egyebek (raktári szám): B 6218
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/3926
Védés állapota: védett

Actions (login required)

Tétel nézet Tétel nézet