High-throughput transcriptomic analysis of Pseudorabies virus

Oláh Péter
High-throughput transcriptomic analysis of Pseudorabies virus.
Doktori értekezés, Szegedi Tudományegyetem.
(2017)

[img]
Előnézet
PDF (disszertáció)
Download (4MB) | Előnézet
[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (99kB) | Előnézet
[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (99kB) | Előnézet

Absztrakt (kivonat) idegen nyelven

The whole-genome sequence of PRV strain Ka was determined by cutting-edge long-read sequencing in order to facilitate accurate transcriptome mapping and further epigenetic studies of the virus. Illumina short-read, high-throughput sequencing was used for the first time on lytic-infection PRV samples in order to create a single-base resolution transcriptome map, along with the detailed polyadenylation landscape of the virus by PA-Seq. In accordance with expectations, most of the viral genome was transcribed, with the exception of several small intergenic repetitive sequences, and loci in the large internal and terminal repeats. Among the findings are a novel polyadenylated lncRNA near the OriL origin of replication, and the single-base resolution mapping of 3′ UTRs across the viral genome. A number of genes exhibited alternative polyadenylation sites, while previously described splice sites were confirmed and expanded with a novel alternative splicing event in the key regulator ep0 gene.

Mű típusa: Disszertáció (Doktori értekezés)
Doktori iskola: Interdiszciplináris Orvostudományok Doktori Iskola
Tudományterület / tudományág: orvostudományok > elméleti orvostudományok
Magyar cím: A Pseudorabies vírus transzkriptomikai elemzése nagy áteresztőképességű módszerekkel
Idegen nyelvű cím: High-throughput transcriptomic analysis of Pseudorabies virus
Témavezető(k):
Témavezető neveBeosztás, tudományos fokozat, intézményEmail
Prof. Boldogkői ZsoltTanszékvezető egyetemi tanár, habil PhD DSc, SZTE ÁOK Orvosi Biológiai Intézet boldogkoi.zsolt@gmail.com
EPrint azonosító (ID): 3538
Publikációban használt név : Oláh Péter
A mû MTMT azonosítója: 3266861
doi: 10.14232/phd.3538
A feltöltés ideje: 2017. jan. 17. 16:14
Utolsó módosítás: 2017. szept. 18. 08:50
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/3538
Védés állapota: védett

Actions (login required)

Tétel nézet Tétel nézet

Letöltések

Letöltések havi bontásban az elmúlt egy évben