Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei

Szalay-Bekő Máté
Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei.
PhD, University of Szeged.
(2014)

[img]
Preview
PDF (disszertáció)
Download (5MB) | Preview
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (858kB) | Preview
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (854kB) | Preview

Abstract in foreign language

A disszertációmban bemutatott tudományos munkám célja, hogy a bonyolult biológiai rendszerek megértését segítsem elő olyan informatikai programok fejlesztésével, amelyek segítenek az élő rendszereket leíró hálózatos modellek szerkezetének feltérképezésében. A dolgozatomban a ModuLand nevű fuzzy modularizálási eljárás informatikai megvalósítását és az eljárás gyakorlati példákon való alkalmazását ismertetem. Az általam megvalósított program segítségével vizsgálhatóvá válik tetszőleges irányítatlan hálózat hierarchikus modulszerkezete. A program képes a modulok központi régióinak meghatározására, valamint a hálózat egyes pontjainak a modulszerkezetben betöltött szerepének számszerű jellemzésére. Például egy fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózat esetén megállapítható, hogy az adott fehérje mennyire játszik központi szerepet egy funkcionális modulban, vagy épp mennyire alkot hidat különböző funkcionális modulok között. Az általam fejlesztett plug-in-t számos biológiai kutatás során felhasználtam részben én, részben a kutatócsoportom tagjai és részben más nemzetközi kutatócsoportok. Az Escherichia coli baktéirium Met-tRNS szintetáz fehérjéjének térszerkezetét modellező aminosav hálózat esetében összevetettem a hálózat modulszerkezetét a fehérje domain szerkezetével, illetve megvizsgáltam az enzim katalitikus központja és antikodon kötőhelye közötti konformációs változások továbbadásáért felelős aminosavak modulszerkezetben betöltött pozícióját és ezek sajátosságait. A ModuLand plug-in használatával munkatársaimmal közösen összehasonlítottuk a Buchnera Aphidicola és Escherichia coli baktériumok metabolikus folyamatait leíró hálózatokat, kimutatva az előbbi élőlénynél a szabadon élő, illetve az utóbbi esetében a szimbióta életmódból fakadó különbségeket a metabolikus hálók modulszerkezeteiben. Az általam megvalósított ModuLand plug-in-t 2012-es publikálása óta több mint 150 kutató töltötte le és több nemzetközi publikációban közölt, tőlem független kutatásnál felhasználásra került.

Item Type: Thesis (PhD)
Creators: Szalay-Bekő Máté
Hungarian title label: Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei
Title of the thesis in foreign language: Overlapping module structure of biological networks: computer programs and their applications
Divisions: Doctoral School of Biology
Discipline label: természettudományok > biológiai tudományok
Defence date label: 2014. April 11.
Supervisor label:
SupervisorSupervisor scientific name labelEmail
Prof. Csermely Péteregyetemi tanár, az MTA doktora, Semmelweis Egyetemcsermely@eok.sote.hu
Dr. Papp Balázstudományos főmunkatárs, Ph.D., MTA SZBK Biokémiai Intézetpappb@brc.hu
Reviewer label:
Reviewer name labelReviewer scientific name labelEmail
Dr. Barta Csabaadjunktus, Ph.D., Semmelweis Egyetem Orvosi, Molekuláris Biológiai és Pathobiokémiai Intézetbarta.csaba@med.semmelweis-univ.hu
Dr. Hegedűs Zoltántudományos főmunkatárs, Ph.D., MTA SZBK Főigazgatói Csoporthegedus.zoltan@brc.mta.hu
President label:
President name labelPresident scientific name labelEmail
Dr. Gallé Lászlóprofessor emeritus, az MTA doktora, SZTE TTIK Ökológiai Tanszékgalle@bio.u-szeged.hu
Member label:
Member name labelMember scientific name labelEmail
Dr. Rákhely Gábortanszékvezető egyetemi docens, Ph.D., SZTE TTIK Biotechnológiai Tanszékrakhely@brc.hu
Dr. Pénzes Zsoltegyetemi docens, Ph.D., SZTE TTIK Ökológiai Tanszékpenzes@bio.u-szeged.hu
Item ID: 1963
doi: https://doi.org/10.14232/phd.1963
Date Deposited: 2013. Nov. 04. 11:50
Last Modified: 2017. Jun. 13. 14:45
Depository no.: B 5678
Supervisor: Prof. Csermely Péter and Dr. Papp Balázs
Supervisor scientific name label: egyetemi tanár, az MTA doktora, Semmelweis Egyetem, tudományos főmunkatárs, Ph.D., MTA SZBK Biokémiai Intézet
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/1963
Defence/Citable status: Defended.

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per month over past year