Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei

Szalay-Bekő Máté
Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei.
PhD, University of Szeged.
(2014)

[img]
Preview
PDF (disszertáció)
Download (5MB) | Preview
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (858kB) | Preview
[img]
Preview
PDF (tézis)
Download (854kB) | Preview

Abstract in foreign language

A disszertációmban bemutatott tudományos munkám célja, hogy a bonyolult biológiai rendszerek megértését segítsem elő olyan informatikai programok fejlesztésével, amelyek segítenek az élő rendszereket leíró hálózatos modellek szerkezetének feltérképezésében. A dolgozatomban a ModuLand nevű fuzzy modularizálási eljárás informatikai megvalósítását és az eljárás gyakorlati példákon való alkalmazását ismertetem. Az általam megvalósított program segítségével vizsgálhatóvá válik tetszőleges irányítatlan hálózat hierarchikus modulszerkezete. A program képes a modulok központi régióinak meghatározására, valamint a hálózat egyes pontjainak a modulszerkezetben betöltött szerepének számszerű jellemzésére. Például egy fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózat esetén megállapítható, hogy az adott fehérje mennyire játszik központi szerepet egy funkcionális modulban, vagy épp mennyire alkot hidat különböző funkcionális modulok között. Az általam fejlesztett plug-in-t számos biológiai kutatás során felhasználtam részben én, részben a kutatócsoportom tagjai és részben más nemzetközi kutatócsoportok. Az Escherichia coli baktéirium Met-tRNS szintetáz fehérjéjének térszerkezetét modellező aminosav hálózat esetében összevetettem a hálózat modulszerkezetét a fehérje domain szerkezetével, illetve megvizsgáltam az enzim katalitikus központja és antikodon kötőhelye közötti konformációs változások továbbadásáért felelős aminosavak modulszerkezetben betöltött pozícióját és ezek sajátosságait. A ModuLand plug-in használatával munkatársaimmal közösen összehasonlítottuk a Buchnera Aphidicola és Escherichia coli baktériumok metabolikus folyamatait leíró hálózatokat, kimutatva az előbbi élőlénynél a szabadon élő, illetve az utóbbi esetében a szimbióta életmódból fakadó különbségeket a metabolikus hálók modulszerkezeteiben. Az általam megvalósított ModuLand plug-in-t 2012-es publikálása óta több mint 150 kutató töltötte le és több nemzetközi publikációban közölt, tőlem független kutatásnál felhasználásra került.

Item Type: Thesis (PhD)
Creators: Szalay-Bekő Máté
Hungarian title label: Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei
Title of the thesis in foreign language: Overlapping module structure of biological networks: computer programs and their applications
Divisions: Doctoral School of Biology
Discipline label: természettudományok > biológiai tudományok
Defence date label: 2014. April 11.
Item ID: 1963
doi: https://doi.org/10.14232/phd.1963
Date Deposited: 2013. Nov. 04. 11:50
Last Modified: 2017. Jun. 13. 14:45
Depository no.: B 5678
Supervisor label:
Supervisor Supervisor scientific name label
Prof. Csermely Péter
Dr. Papp Balázs
egyetemi tanár, az MTA doktora, Semmelweis Egyetem
tudományos főmunkatárs, Ph.D., MTA SZBK Biokémiai Intézet
Reviewer label:
Reviewer name label Reviewer scientific name label
Dr. Barta Csaba
Dr. Hegedűs Zoltán
adjunktus, Ph.D., Semmelweis Egyetem Orvosi, Molekuláris Biológiai és Pathobiokémiai Intézet
tudományos főmunkatárs, Ph.D., MTA SZBK Főigazgatói Csoport
President label:
President name label President scientific name label
Dr. Gallé László
professor emeritus, az MTA doktora, SZTE TTIK Ökológiai Tanszék
Member label:
Member name label Member scientific name label
Dr. Rákhely Gábor
Dr. Pénzes Zsolt
tanszékvezető egyetemi docens, Ph.D., SZTE TTIK Biotechnológiai Tanszék
egyetemi docens, Ph.D., SZTE TTIK Ökológiai Tanszék
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/1963
Defence/Citable status: Defended.

Actions (login required)

View Item View Item