Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei

Szalay-Bekő Máté
Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei.
Doktori értekezés, Szegedi Tudományegyetem.
(2014)

[img]
Előnézet
PDF (disszertáció)
Download (5MB) | Előnézet
[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (858kB) | Előnézet
[img]
Előnézet
PDF (tézis)
Download (854kB) | Előnézet

Absztrakt (kivonat) idegen nyelven

A disszertációmban bemutatott tudományos munkám célja, hogy a bonyolult biológiai rendszerek megértését segítsem elő olyan informatikai programok fejlesztésével, amelyek segítenek az élő rendszereket leíró hálózatos modellek szerkezetének feltérképezésében. A dolgozatomban a ModuLand nevű fuzzy modularizálási eljárás informatikai megvalósítását és az eljárás gyakorlati példákon való alkalmazását ismertetem. Az általam megvalósított program segítségével vizsgálhatóvá válik tetszőleges irányítatlan hálózat hierarchikus modulszerkezete. A program képes a modulok központi régióinak meghatározására, valamint a hálózat egyes pontjainak a modulszerkezetben betöltött szerepének számszerű jellemzésére. Például egy fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózat esetén megállapítható, hogy az adott fehérje mennyire játszik központi szerepet egy funkcionális modulban, vagy épp mennyire alkot hidat különböző funkcionális modulok között. Az általam fejlesztett plug-in-t számos biológiai kutatás során felhasználtam részben én, részben a kutatócsoportom tagjai és részben más nemzetközi kutatócsoportok. Az Escherichia coli baktéirium Met-tRNS szintetáz fehérjéjének térszerkezetét modellező aminosav hálózat esetében összevetettem a hálózat modulszerkezetét a fehérje domain szerkezetével, illetve megvizsgáltam az enzim katalitikus központja és antikodon kötőhelye közötti konformációs változások továbbadásáért felelős aminosavak modulszerkezetben betöltött pozícióját és ezek sajátosságait. A ModuLand plug-in használatával munkatársaimmal közösen összehasonlítottuk a Buchnera Aphidicola és Escherichia coli baktériumok metabolikus folyamatait leíró hálózatokat, kimutatva az előbbi élőlénynél a szabadon élő, illetve az utóbbi esetében a szimbióta életmódból fakadó különbségeket a metabolikus hálók modulszerkezeteiben. Az általam megvalósított ModuLand plug-in-t 2012-es publikálása óta több mint 150 kutató töltötte le és több nemzetközi publikációban közölt, tőlem független kutatásnál felhasználásra került.

Mű típusa: Disszertáció (Doktori értekezés)
Doktori iskola: Biológia Doktori Iskola
Tudományterület / tudományág: természettudományok > biológiai tudományok
Magyar cím: Biológiai hálózatok átfedő modularizálását végző számítógépes programok és azok alkalmazási területei
Idegen nyelvű cím: Overlapping module structure of biological networks: computer programs and their applications
Témavezető(k):
Témavezető neveBeosztás, tudományos fokozat, intézményEmail
Prof. Csermely Péteregyetemi tanár, az MTA doktora, Semmelweis Egyetemcsermely@eok.sote.hu
Dr. Papp Balázstudományos főmunkatárs, Ph.D., MTA SZBK Biokémiai Intézetpappb@brc.hu
EPrint azonosító (ID): 1963
Publikációban használt név : Szalay-Bekő Máté
doi: 10.14232/phd.1963
A feltöltés ideje: 2013. nov. 04. 11:50
Utolsó módosítás: 2017. jún. 13. 14:45
Egyebek (raktári szám): B 5678
URI: http://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/1963
Védés állapota: védett

Actions (login required)

Tétel nézet Tétel nézet